一、沿革
本校創辦人王趁先生從事藥業熱心教育，因鑒於教育是國家百年大計，而醫藥為人類所依，乃立志培植藥學人才為社會服務為人類造福，遂於民國五十五年春奉教育部核准成立五年制藥學科(修業六年)。五十八年增設保健藥學科(共招收七屆)，民國五十九年又成立二年制實用技藝部藥學科(共招收三屆)。民國八十一年成立進修部藥學科，招收藥劑生在夜間部修讀三年，經國家考試及格後取得藥師資格。藥學科成立後，歷經多年來之規劃與建設，舉凡教學設施、設備、儀器、師資及學生素質等都有顯著的進步，尤其校園廣闊清幽，實為莘莘學子求學之理想環境。民國八十五年七月正式升格為「嘉南藥理學院」(Chia-Nan College of Pharmacy and Science)，停招五專，「藥學科」也同時改名為「藥學系」，招收四年制大學部學生。民國八十九年再度奉准改名「嘉南藥理科技大學」(Chia-Nan University of Pharmacy and Science)。九十三年起停招二技日間部，九十六年起停招二技進修部，九十七年起停招進修部二年制在職專班。為因應藥學教育改革及提升藥師專業能力，於一0七年獲教育部核准四年制大學部由修業四年改為修業五年。目前本系計有日間部四年制修業五年為25班，碩士班2班以及碩士在職專班2班，共29班，超過1300位學生。
面臨人口高齡與少子化的加速劇變，導致社會對於藥物與用藥安全，及生活照顧的需求益大。藥師的角色也從以往定位在服務藥品，蛻變成要學習如何和人們的身體與廣大的民眾對話。
許多地方都有藥師的蹤跡，在醫院、診所、藥廠、研究機構以及政府機關各司其職。也有一群人走出白色巨塔在你我身邊，具備令人信賴的醫療專業知識，他們正是社區藥師。藥師是藥的專家，可提供安全有效的藥物讓社會有藥用，並且能解答任何藥物相關的問題，讓民眾會用藥。具體來說，社區藥師的角色可以是藥物的供應者、第一線的轉介者、正確用藥的教育者、用藥的把關者與代言人、慢性病管理者、健康促進的推手、復能與生活照護協力者及最後一哩路的陪伴者。
藥學出路廣闊，涵蓋藥師、藥物科學產業應用、醫藥衛生保健產業經營行銷與藥事管理行政等大健康產業經營管理，各領域皆需藥學人力的投入，故五年課程據此規劃各式模組與學程供學生選擇，以因應未來國家考試及職場應用之需求，並積極規劃與未來接軌的進階教育流程，強調實務教學。本系自102學年度起適用新課程課綱，以符應全國藥學教育共識會議藥學系核心課程之修訂，且為順應社會對藥學專業期望，自107學年度起修業年限為五年，也鼓勵學生繼續往研究所領域進修，精進藥學專才。亦期望學生能適性發展投身於合宜的就業市場，依校友發展的經驗，假以時日必能有所作為。
身為教育人員，我們被賦予培育術德兼修藥學人才的重責大任，我們重視學生的教育，除了藥學專業識能的養成之外，亦鼓勵學生課餘參與社團與社會服務活動，結合時事議題，善用AI、ChatGPT等新型資訊軟體，累積對未來職場環境的承受力、適應力與競爭力，進而完備全人的大學藥學教育，同時成為具Critical Thinking與論述能力之藥師人才；此外，本系與美國南加大藥學系、日本東京藥科大、日本東北醫科藥科大的學術聯誼密切，固定進行學生交流以開闊藥學生視野；亦提供多方位獎學金以鼓勵勤勉學子。選擇嘉藥藥學系一定是你明智之抉擇，期待你加入成為我們嘉南藥學系的一員。
藥學專業之培育需由多數醫藥相關背景專長之教師授課，本系為培育「健康產業之藥事照護專業人才」及「藥物科技基礎研究能力及藥物開發所需技術和應用，社會藥學管理之高級專業碩士人才」之目標，專任教師之聘任專長涵蓋有醫藥學領域、化學領域及生命科學領域，使學生除在藥學專業能得到確切學習外，亦能接受跨領域專長教師之傳授，而達培育健康產業藥學專業人才之培育目標。為增加本系在醫學領域之教研能量，合聘4位奇美醫學中心及台南巿立醫院醫師，現有專任教師共33位。