本系以「全方位培育藥學專業人才」為教育目標，發展多元就業模組課程，以達學生畢業即就業之目標。本系課程規劃蘊涵藥事照護、藥事管理及製藥工業與生物技術等三個就業模組，更配合醫院、社區藥局、產業及美國南加大(USC)以及日本東京藥大之暑期海外研習，以提升學生之藥學專業實務素養及能力。本系課程規劃如下：
四技必修科目
微積分、普通生物學、普通化學、藥用物理化學、藥學導論、藥學英文、中藥概論、本草學、基礎科學實驗(一)、(二)及(三)、有機化學、分析化學、解剖生理學(一)及(二)、生物統計學、生物化學、生物化學實驗、藥理學(一)及(二)、藥物化學(一)及(二)、藥學科學實驗、微生物及免疫學、病態生理學、分子生物學、藥物分析學（一）及(二)、藥物分析學實驗、生物藥劑學、藥物治療學(一)及(二) 、非處方藥、藥劑學（一）及(二)、藥劑學實驗、生藥學 (一)及(二)、中藥藥物學、生藥學實驗、炮製學(含實驗)、方劑學(含實驗)、人工智慧與藥物資訊、調劑學、調劑學實驗、臨床藥學、藥學倫理、藥事法規、藥學實務、臨床藥物動力學、實證藥學、藥事照護、社區藥局實習、醫院藥學實習等。
四技選修科目
藥學日文、生物技術導論、天然物化學概論、藥用植物學(含實驗)、中草藥基源鑑定學(含實驗) 、藥學服務、藥學服務實習、藥廠實務、優良藥品製造規範、公共衛生、藥物流行病學、藥物經濟學、藥學溝通技巧、臨床檢驗學、營養學、消費者行為學、藥用化妝品學、藥物治療臨床案例整合分析、長期照護個案分析、社區藥局規劃、設計與營運管理、藥學跨領域溝通與照護、社區藥局視覺化店頭行銷、醫藥生技產業概論、中藥實務實習(一)及(二)、中藥實務實作、社區藥學、生物製劑、毒理學、藥事經營與管理學、職涯規劃、社區藥局管理、儀器分析、生技法規等。
本系大學部規劃有下列特色課程：實證藥學、藥事照護、藥學服務、藥學服務實習、藥業實習、社區藥局實習、醫院藥學實習、「客觀結構式臨床技能測驗」(OSCE)等課程。
碩士班規畫有下列特色課程：藥物開發特論、研究方法及實作、中草藥品質管制、毒物學特論、分子藥理學、生物藥劑學特論。
課程地圖:https://reurl.cc/Q7RM4q
課程標準表查詢系統:https://reurl.cc/WExnve